Nach einem fünfjährigen Rechtsstreit erhielten die Nagolder endlich Recht, nachdem sie auf die Finanzierung einer neuen Kirche geklagt hatten. Die Verwendung von rotem Sandstein an der Außenseite und weißem Sandstein an der Innenseite der Kirche wurde von der Eisenacher Bewegung vorgeschrieben. Das kleine, bitterarme Oberamtsstädtchen hätte sich eine Kirche mit 2000 Sitzplätzen im damals modernen neugotischen Stil nicht leisten können, wenn der Nagolder Dekan Freihofer nicht entdeckt hätte, dass Herzog Ulrich das Nagolder Kirchenvermögen in sein eigenes eingebracht hatte. Die alte Marienkirche war baufällig geworden und bedurfte eines Neubaus. Bei der Lichtgotischen Liturgie ist die Akustik der Johanneskirche zu erleben. 1969 wurde der gesamte neugotische Innenraum entfernt, um einem hellen, offenen Kirchenraum Platz zu machen. Beim Bau der Nagolder Johanniskirche ging es vor allem um Geld. Der genaue Standort der Kanzel wurde durch die Akustik des Raumes und das Verhältnis von Länge und Breite des Kirchenschiffs bestimmt.