Im Spätmittelalter war Muschenheim Teil des Archidiakonats St. Maria ad Gradus. Birklar war bis 1316 eine Pfarrei. Nach der Neudeckung des Kirchendaches wurde eine neue Empore angelegt. In der Spätgotik wurde das Kirchenschiff gewölbt, das Chorgewölbe erhöht, die Apsis aufgestockt und die Fenster an der Südseite vergrößert. Der barocke Helmaufbau ersetzte den ursprünglichen Pyramidenhelm. Bei einer Außenrenovierung im Jahr 1988 wurden schadhafte Stellen neu verputzt und die Fenster- und Türrahmen aus romanischer und gotischer Zeit restauriert. Das Patronatsrecht über die Muschenheimer Kirche wurde nach dem Aussterben der Mnzenberger an die Zisterzienser des Klosters übertragen. Die Kirche wurde mit zwei Öfen beheizt. Das Kirchenschiff war ursprünglich einschiffig mit quadratischem Chor und halbrunder Apsis. Die Kirche wurde zu Beginn des 13. Jahrhunderts dem heiligen Nikolaus geweiht und befand sich im Besitz des Hauses Solms-Braunfels. Die zweischiffige basilikale Kirche hat ein Flachdach über dem nördlichen Seitenschiff und einen östlichen Chorturm. Muschenheim war die Mutterkirche der Kapellen. Zwischen 1216 und 1229 gab es zwei Priester. Nach der Säkularisation des Klosters ging das Patronat an das Haus Solms über. Der vierte Altar wurde am Ende des 15. Jahrhunderts geweiht. Nach einem Blitzeinschlag in den Turm im Jahr 1895 wurde der Schaden im Frühjahr behoben und das Turmdach neu eingedeckt. Die ritterliche Familie von Muschenheim stiftete einen weiteren Altar für den Nikolausaltar. Die Kirchenbänke und der Fußboden unter der Kanzel wurden 1699/1700 erneuert. 1151 wird die Kirche der Herren von Arnburg in Muschenheim erwähnt, die das Patronatsrecht erhielten. Mit der Einführung der Reformation wurde das evangelische Bekenntnis geändert. Der Innenraum wurde 1898 renoviert. Im Jahr 1927 erhielt der Turm einen Blitzableiter. Die Kirche in Muschenheim wurde im 13. Jahrhundert im romanischen Stil erbaut. Das Ortsbild wird durch ein hessisches Kulturdenkmal geprägt.