Die alte Marienkirche war baufällig geworden und bedurfte eines Neubaus. Das kleine, bitterarme Oberamtsstädtchen hätte sich eine Kirche mit 2000 Sitzplätzen im damals modernen neugotischen Stil nicht leisten können, wenn der Nagolder Dekan nicht entdeckt hätte, dass Herzog Ulrich das Nagolder Kirchenvermögen seinem eigenen einverleibt hatte. Der genaue Standort der Kanzel wurde durch die Akustik des Raumes und das Verhältnis von Länge und Breite des Kirchenschiffs bestimmt. Die Verwendung von rotem Sandstein an der Außenseite und weißem Sandstein an der Innenseite der Kirche wurde von der Eisenacher Bewegung vorgeschrieben. Im Jahr 1969 wurde der gesamte neugotische Innenraum entfernt, um einem hellen, offenen Kirchenraum Platz zu machen. Bei der Lichtgotik-Liturgie kann die Akustik der Johanneskirche erlebt werden. Nach einem fünfjährigen Rechtsstreit erhielten die Nagolder Bürger endlich Recht, nachdem sie auf die Finanzierung einer neuen Kirche geklagt hatten. Beim Bau der Nagolder Johanniskirche ging es vor allem um Geld.